阿克苏绿洲农田生态系统国家野外研究站位于新疆阿拉尔市，距乌鲁木齐市1100公里，距阿克苏市80公里，地理坐标为东经80°51′，北纬40°37′，海拔1028 m，位于塔里木河三大源流（阿克苏河、叶尔羌河、和田河）交汇点附近的平原荒漠—绿洲区内，该区域是国家重要的优质棉基地。